開始在龜頭、系帶、冠狀溝處出現硬性結節、紅色斑塊及慢性潰瘍，經久不愈。腫塊增大或潰瘍變深，潰瘍面有黃灰色或白色分泌物，有臭味，潰瘍周邊無明顯紅腫，境界清楚，可有腹股溝淋巴結腫大。

嚴重者有幹酪樣壞死物脫落，發生陰莖海綿體的病灶腫塊，可造成陰莖彎曲變形，產生排尿方向不正及勃起時疼痛，由此造成性交時疼痛、、遺精、等性功能障礙。有時由於部分患者同時有、精囊、附睪尾部結核及輸精管串珠樣改變，同時有血精、痛等。

對陰莖結核的治療，應用全身抗結核藥物，局部可用藥物外敷、病灶搔刮等措施促進愈合。若在全身抗結核藥物治療下，病變不好轉時，可做病灶清除術治療。