COH最大缺點之一是該治療周期的激素環境異常，如卵泡期LH水平過高(>基礎值1SD以上)和內源性LH峰過早發生。LH水平過高可能引起卵泡發育異常，雄激素與雌激素分泌過多，卵泡過早黃素化(premature follicularluteinization)，LH峰出現前黃體酮分泌升高。由於垂體LH儲備減少，造成LH峰值下降，黃體功能不全，子宮內膜發育異常對胚胎種植不利，即使能種植也容易發生早期流產。反之，若胚胎於自然周期或類固醇激素替代治療周期移植是比較容易獲得成功的，均與激素環境有關。卵泡期LH水平過高，LH將抑制卵子減數分裂抑制因子，使卵子過熟或未熟老化不能受精與種植。

　　COH治療周期中，由於多個卵泡發育，雌激素水平比自然周期迅速增高，大約有20％病者在注射HCG之前反饋性發生過早內源性LH峰，過早內源性LH峰常常為隱匿(attenuation)，峰值不高，較難檢測，按其大小程度，可以影響卵子恢復減數分裂、卵泡黃素化或卵泡破裂。如峰大而陡然可造成取卵前發生排卵或收集到過熟卵子，使受精率下降，妊娠率下降，內源性LH峰一旦過早出現，通常列為取消周期(cycle cancel-lation)，不再進行取卵手術。

　　另一個問題是如何才能獲得同步成熟的卵子，在目前的刺激方案還未做到，大多數方案所回收到卵子50％～70％是成熟卵子，仍然有中間成熟、未成熟、閉鎖，不正常卵子。成熟卵子受精率是比其他的高，盡管未成熟卵子可以通過孵育稍長時間仍有受精機會，但由於對配子成熟與融合過程了解不多，往往難於掌握。使用於IVF的COt{方案有用單一種排卵誘發藥物的或聯合用藥的方案，然而目前有關使用方案的對比性研究比較少，難於對其評述，不過妊娠率除與所用方案有關外，還與卵子回收、實驗室條件有關。