如果僅是單純的包皮過長並不可怕，因為過長的包皮本身不會對健康產生什麼嚴重的影響，包皮過長的危害在於其造成的一系列的繼發性病變，其中較為常見的有以下6方面：

包皮陰莖頭炎

包皮過長，清潔不夠，加之包皮過長造成尿液經常積留在包皮囊內刺激包皮及陰莖頭，促使其產生分泌物及表皮脫落，形成過多的包皮垢。一方面包皮垢可刺激局部包皮和黏膜發生炎症。另一方面由脫落上皮、腺體分泌物和包皮垢共同形成的溫熱潮濕環境一旦有細菌進入極易引發炎症。

包莖嵌頓

包皮過長的同時如果伴有包皮口狹窄，則在包皮強力翻著陰莖頭上方後未能及時復位時便會形成包莖嵌頓。

尿路感染危險性增加

包皮陰莖頭處的感染可以沿尿路上行引起尿路感染，包皮過長患者比正常人患尿路感染的機會高20倍以上。

患性病危險性增加

包皮過長形成的包皮與陰莖頭之間的褶皺提供了病菌良好的生存環境，這是所有致病菌易潛藏的部位，梅毒、淋病等性傳播疾病的病原體均能在包皮下生長並伺機進入機體造成發病。

誘發陰莖癌

反復的炎症刺激易造成陰莖鱗狀上皮發生癌變，據統計90﹪以上的陰莖癌因包皮過長而起。

影響性功能

包皮過長會影響青春期的陰莖發育，成年後影響性生活質量。同時包皮陰莖頭反復的炎症可造成性交疼痛，進而影響性生活。