一、無龜頭

無龜頭十分罕見，1898年即有報道，有包皮，呈樹枝樣。作成形術可增加病人的性感，因未作詳細的解剖研究，也不甚了解其胚胎發生。

二、蹼狀陰莖

蹼狀陰莖是指陰莖皮膚全長依附於陰囊而使陰莖勃起時不能伸直變長，排尿不能前射。患者有時合並兩性畸形或會陰型尿道下裂。其治療方法為手術切除陰莖蹼或“Z”字形成形術，亦可采用橫切縱縫法。

三、大陰莖

與同齡人相比，陰莖過大稱為大陰莖，大陰莖多發生在青春期前早熟、先天性癡呆、侏儒症、垂體功能亢進及腎上腺功能亢進等患者。有報告1例陰莖總長18cm，陰莖根部直徑3.5cm，陰莖頭長3.5cm，直徑5.5cm之巨大陰莖。

大陰莖患者，當其垂體或腎上腺功能恢復正常後（如切除垂體或腎上腺腫瘤）即可不增大或可恢復到正常大校手術整形是切除自陰莖頭至陰莖中段的陰莖海綿體肌的一部分，保留陰莖背側的神經、血管。然後將陰莖海綿體肌兩切面縫合。術中不切斷尿道海綿體，而將其貼於陰莖海綿體上，因尿道海綿體有一定的收縮力，所以只有一部分有尿道彎曲，但不影響排尿。

四、陰莖陰囊移位

陰莖、陰囊交換位置，陰囊在前，陰莖在後，有時合並有其他畸形。本病首次報道於1911年，本畸形十分罕見。但陰莖、陰囊部分轉位較常見，即陰莖被陰囊部分或全部包圍。

由於陰莖陰囊移位不出現尿道上裂，推測生殖結節發生在正常位置，使陰莖的發生位置正常，即位於陰莖後方的唇囊突移位於陰莖的前方，而使陰囊出現向上移位而造成。本畸形嚴重者如不治療則影響性交。手術將陰囊移至陰莖的後下方。