包括全身及生殖器官檢查。全身檢查與內科方法相同，特別要注意發育、營養及精神狀況，但重點則是生殖器官的檢查，檢查內容包括：

　　1、陰莖：注意有無嚴重的包莖、硬結、炎症用腫瘤或發育異常。

　　2、尿道；有無瘺孔、下裂、硬結。

　　3、攝護腺：經肛診可檢查其大小，有無硬結、腫物，還可按摩取攝護腺液檢查。

　　4、睪丸：測量其大小、觸診硬度，有無硬結、壓痛、腫物，是否為隱睪。

　　5、精索：觸摸其中輸精管的硬度，有無結節、壓痛，有無精索靜脈曲張。